In 1940, in timpul guvernarii Gigurtu a fost legiferat un statut juridic pentru reglementarea situatiei evreilor din Romania. Evreii au fost transformati in cetateni de categoria a doua. Au fost eliminati din armata, li s-au impus restrictii in practicarea unor profesiuni si in exercitarea drepturilor asupra proprietatilor rurale. Au loc pogromuri la Dorohoi (iulie 1940) si in alte localitati din nordul Moldovei, sunt ucisi sute de evrei pentru simplul motiv al evreitatii lor. Politica antievreiasca s-a amplificat dupa instaurarea statului national legionar roman (septembrie 1940), cand s-a continuat elaborarea si aplicarea unei legislatii antievreiesti de eliminare a evreilor din viata economica-sociala, politica si culturala romaneasca, de deposedarea lor de bunurile imobiliare si de jefuire a bunurilor mobiliare. Regimul de teroare legionara reprezenta un pericol permanent pentru existenta fizica a evreilor. In timpul rebeliunii legionare (21-23 ianuarie 1941), au fost ucisi in Bucuresti 120 de evrei. Dar politica antievreiasca continua si dupa inlaturarea legionarilor de la guvernarea tarii (23 ianuarie 1941), mai ales dupa intrarea Romaniei in razboiul alaturi de Germania nazista (22 iunie 1941), cand practic autoritatile antonesciene au declansat procesul de distrugere, in primul rand, a evreilor din Basarabia, Bucovina si partial din Moldova, un moment culminant fiind pogromul de la Iasi si trenurile mortii (29 iunie, 6 iulie 1941) carora i-au cazut victima peste 10.000 de evrei. Din cei aproximativ 600.000 de evrei ramasi sub administratia romaneasca dupa cedarea Transilvaniei de Nord Ungariei Hortyste (30 august 1940) aproximativ jumatate traiau in Basarabia si Bucovina de Nord, care au fost ocupate de Uniunea Sovietica intre iunie 1940 si iunie 1941.

Rapoartele militare germane ale Oficiului de Studii strategice precum si documentele romanesti din perioada razboiului duc la concluzia ca din cei 300.000 de evrei din Basarabia si Bucovina de Nord in jur de 100.000 au fost deportati de autoritatile sovietice in Siberia, au fost incorporati in Armata Rosie ori s-au retras cu autoritatile sovietice. Deci trupele romane si germane intrate in Basarabia si Bucovina de Nord au gasit acolo aproximativ 200.000 de evrei. In aplicarea politicii de purificare etnica a acestor teritorii, ordonata de maresalul Ion Antonescu, conducatorul statului, zeci de mii de evrei au fost executati de jandarmi romani sau de trupe romane si germane in primele luni ale razboiului. Supravietuitorii au fost internati in lagare de tranzit si ghetouri create pe teritoriul Basarabiei si Bucovinei de Nord de unde in toamna anului 1941 au fost deportati in Transnistria (exceptand 20.000 de evrei din ghetoul de la Cernauti din care 4.000 au fost deportati in vara anului 1942). Conform rapoartelor Inspectoratului General al Jandarmeriei pe parcursul anilor 1941-1942 au fost deportati in jur de 126.000 de evrei din care potrivit acelorasi rapoarte la 1 septembrie 1943 mai erau in viata 51.000 de evrei-romani. In acelasi timp sursele ambasadei germane la Bucuresti din perioada razboiului mentionau cifre intre 160.000 si 185.000 de evrei deportati in Transnistria.

In Vechiul regat evreii au fost trimisi in detasamente de munca, au fost privati de orice drepturi civice, au fost jefuiti si adeseori maltratati, evacuati cu zecile de mii dintr-o zona in alta, dar nu sistematic exterminati: exceptand, desigur, pe cei 8-12.000 de victime ale pogromului de la Iasi si pe cei 7.000 de evrei dorohoieni care au pierit in deportare in Transnistria (din cei 12.000 deportati), pe cei 587 de evrei deportati tot in Transnistria pentru intentia de a se repatria in 1940 in URSS si care au fost executati, in deportare de germani. In Transnistria au mai fost deportati toti evreii din Bucovina de Sud si peste 2.000 de evrei din Vechiul Regat si Sudul Transilvaniei. Autoritatile antonesciene si-au dat consimtamantul ca autoritatile germane naziste sa deporteze in lagarele de exterminare din Polonia peste 4.500 de evrei cetateni romani aflati in Belgia, Franta, Germania, Austria s.a.

Dintr-un complex de motive de natura interna si externa, in toamna anului 1942, regimul antonescian a decis sa stopeze deportarea evreilor din sudul Transilvaniei si din Vechiul regat in Transnistria si sa nu dea curs presiunilor Germaniei naziste pentru deportarea evreilor in lagarul de exterminare de la Belzec. Aceste proiectate deportari n-au mai avut loc. De asemenea in 1943 si 1944 anumite categorii de evrei dintre cei deportati in Transnistria au fost repatriati. Astfel toate aceste masuri au permis supravietuirea a aproximativ jumatate din numarul evreilor aflati in Romania.

In ultimii doi ani ai razboiului maresalul Antonescu pierzandu-si increderea in victoria Germaniei naziste a incercat sa „curete” tara de evrei prin sprijinirea emigrarii lor in Palestina. Dar aceasta emigrare implica atunci mari riscuri caci Marea Britanie a interzis imigrarea evreilor in Palestina, iar Germania nazista a interzis emigrarea evreilor din Romania. Doua vase cu emigranti au fost scufundate in apele Marii Negre pierind astfel din totalul de 3.000 de emigranti o treime.

Se impun cateva precizari in legatura cu datele mai sus citate despre numarul evreilor ucisi in perioada Holocaustului din ordinul regimului condus de Ion Antonescu. Conform ultimelor investigatii, Comisia Internationala pentru cercetarea Holocaustului Evreilor din Romania a concluzionat ca in teritoriile aflate sub controlul romanesc, in perioada respectiva au fost ucisi sau au murit datorita regimului de exterminare din Transnistria intre 280.000–380.000 de evrei romani si ucraineni. Cercetarea statisticianului Marcu Rozen a stabilit ca au fost exterminati 155.000 de evrei cetateni romani si circa 115.000 evrei localnici, cetateni ucraineni din Transnistria. Astfel numarul evreilor exterminati sub guvernarea Antonescu totalizeaza 270.000 de suflete. (Marcu Rozen. Date istorice si statistice privind situatia evreilor sub guvernarea antonesciana (1940-1944). (Bucuresti, 2003, p.88) Evreii din Transilvania de Nord aflata atunci sub dominatie hortysta, dupa ocuparea Ungariei de trupele Germaniei naziste (19 martie 1944), au fost deportati din ordinul si sub supravegherea nazistilor germani in lagarele naziste de exterminare. Din 150.000 de evrei au pierit aproximativ 85%.

Capitolul privind istoria Holocaustului in contextul romanesc nu poate fi incheiat fara evocarea faptelor de generozitate si solidaritate umana de care au dat dovada zeci de ne-evrei, care cu riscul vietii lor au reusit sa salveze de la pieire evrei aflati in trenurile mortii, deportati in Transnistria sau destinati sa fie deportati la Auschwitz din Transilvania de Nord aflata sub ocupatia maghiara. Pentru faptele lor de omenie Statul Israel le-a conferit titlul de „Drepti ai popoarelor”.